O Núcleo de Pós-Graduação e Pesquisa em Economia (NUPEC) foi criado no final do ano de 1997 e abriga em seu corpo docente somente doutores dos Departamentos de Economia (em maior número), Administração, Engenharia de Produção e Relações Internacionais. O Núcleo oferece cursos regulares de pós-graduação lato sensu (especialização) e stricto sensu. Dentre estes últimos, destaca-se o Mestrado Profissional em Desenvolvimento Regional e Gestão de Empreendimentos Locais, ofertado desde 2006 e com mais de trinta dissertações defendidas. Em breve será oferecido também o Mestrado Acadêmico em Economia, com área de concentração em Economia Regional. Por fim, o Plano de Desenvolvimento Institucional do NUPEC prevê a criação de um Doutorado em Economia a partir de 2013.